La ozonoterapia aplicada por un personal especializado con los recursos y técnicas precisa, suele transcurrir sin complicaciones. El ozono no puede ser inhalado ya que se considera un gas muy toxico, aun en pequeñas cantidades puede producir inflamación de las vías respiratorias produciendo tos, disnea y dolor torácico, también puede empeorar las condiciones respiratorias crónicas como el asma.

Como todo tipo de tratamiento médico pueden aparecer complicaciones, desde las más sencillas, aquellas que pueden estar relacionadas a la simple puntura de la infiltración, como son la infección local, el dolor, hasta ya las propias que aparecen por el efecto del ozono, como son fenómenos de hipoglucemia, reacciones alérgicas, ocupando estas un lugar poco significativo y más bien se deben a una manipulación y utilización incorrecta del procedimiento.

El riesgo de embolismo gaseoso, rara vez se produce con el uso de los generadores actuales, ya que estos utilizan el oxígeno medico (con una pureza de 99,9%) para generar el ozono, además que el ozono es una gas muy soluble, más aún que el oxígeno, pero siempre debemos tener presente que ante un paciente que experimente sensación de burbujeo axilar, aparición de tos, sensación de opresión retroesternal, vértigos, alteraciones visuales (Ambliopía), crisis de hipotensión, debemos descartar este diagnóstico de inicio y actuar con rapidez. Los casos que se han descrito en la literatura han estado asociado con la aplicación del gas directo en la vena, y obtenido a partir de un oxigeno atmosférico (Recordar que el oxígeno atmosférico tiene nitrógeno, que es un gas no soluble) por lo cual desaconsejamos el uso de esta vía y modo de obtener el ozono.

En cien años ni una sola defunción se le ha atribuido a un tratamiento de ozono, así mismo el subproducto, es decir lo que queda después de realizada la aplicación es un gas muy beneficioso y se llama oxígeno.